动物营养研究所前身是四川大学农学院畜牧兽医系家畜饲养教研室，1962年建立四川农学院畜牧兽医系饲养营养研究室，1986年成立动物营养研究所，为正处级建制。本学科点1963年开始招收硕士研究生，1984年开始招收博士研究生，1989年被评为国家重点学科。

1999年批准为教育部长江学者计划特聘教授设岗单位，动物营养与饲料工程实验室批准为四川省高校重点开放实验室。

2000年所在一级学科批准为博士学位授权点，设立博士后流动站。

2001年再次批准为国家重点学科。2006年“猪抗病营养的分子机制”研究团队入选教育部创新团队。

2007年第三次被批准为国家重点学科，并立项建设“动物抗病营养生物技术教育部工程中心”和“动物抗病营养教育部重点实验室”，同年被批准为“四川省饲料工程中心”和“动物类国家级实验教学示范中心”。

2009年“猪抗病营养的分子机制” 教育部创新团队顺利通过验收。

2010年动物抗病营养实验室批准为四川省重点实验室，鱼类营养与安全生产实验室批准为四川省高校重点实验室。2011年学校批准动物营养研究所迁入成都校区，形成以成都校区为主体，延伸管理雅安校区教学科研的格局。